2x01 The Siege III. (Az ostrom III.)

A v�ros megseg�t�s�re meg�rkezik a Daedalus nevû csatahaj�, amelynek seg�ts�g�vel megelõzõ t�mad�sra indulnak Atlantisz v�dõi. K�zben Ford egy bizarr �talakul�son megy �t, mely alapvetõen megv�ltoztatja az exped�ci� tagjaihoz fûzõdõ kapcsolat�t.

2x02 The Intruder (A betolakod�)

A csapat visszafel� tart a F�ldrõl Atlantisz fel�, amikor a haj�juk ir�ny�thatatlann� kezd v�lni.

2x03 Runner (Az �ld�z�tt)

Az egyik kutat�csapat Ford nyomaira bukkan, akit egykori t�rsai pr�b�lnak megnyugtatni �s hazah�vni. Fogs�gba ejti õket azonban egy Ronan Dex nevû f�rfi, aki ugyanezen a bolyg�n rejtõzk�d�tt el.

2x04 Duet (Duett)

Egy lid�rc t�mad�s ut�n McKay nem teljesen �nmaga, mert a test�t meg kell osztania egy kolleg�j�val. A furcsa viselked�se miatt bolondnak tartj�k.

2x05 Condemned (El�t�lve)

Sheppard�k egy vad civiliz�ci� elõl menek�lve egy fejlett v�rosba jutnak, amelyrõl kider�l, hogy politikai t�rgyal�sokat folytat a lid�rcekkel.

2x06 Trinity (Szenth�roms�g)

McKay megpr�b�l t�k�letes�teni egy olyan Õs energiatermelõ technol�gi�t, mely hamarosan nem v�rt fordulatot vesz. Teyla �s Ronan egy Belkan nevû kereskedõcsoportot l�togat meg, ahol megtudj�k, hogy a f�rfi vil�g�nak vannak t�l�lõi �s k�z�tt�k van egykori mestere is.

2x07 Instinct (�szt�n)

A csapat egy elz�rt vil�g lak�inak k�r�s�re lid�rc ut�ni hajt�vad�szatba kezd. Megd�bbenve veszik tudom�sul, hogy egy fiatal lid�rc l�ny egy�tt �l egy apj�nak tartott emberrel, aki a speci�lis fõzet�nek k�sz�nhetõen mesters�gesen el tudja nyomni az �hs�get. Dr. Beckett megpr�b�lja a kivonat titk�t felfedni.

2x08 Conversion (�tv�ltoz�s)

Dr. Beckett retrov�rusa miatt Sheppard egy furcsa �talakul�son megy kereszt�l.

2x09 Aurora (Aurora)

Lefagyasztott Õs�ket tal�lnak Sheppard�k, akikkel megpr�b�lj�k felvenni a kapcsolatot.

2x10 The Lost Boys (Az elveszett fi�k)

Ford egy k�l�nleges csoport vezetõjek�nt visszat�r, hogy egy kapt�rhaj� elleni t�mad�shoz seg�ts�get k�rjen Atlantiszt�l.

2x11 The Hive (A kapt�r)

Sheppard fogs�gba esik a lid�rc haj�ban, miut�n Ford terve nem �gy s�l el, ahogy szerett�k volna.

2x12 Epiphany (Megvil�gosod�s)

Sheppard idõtorzul�s miatt k�zel egy �vig mag�ra marad egy olyan bolyg�n, amelynek lak�i Õs�k.

2x13 Critical Mass (Kritikus t�meg)

A v�rost megt�madja egy Goa’uld, aki egy bomb�t helyez el az egyik �p�letben.

2x14 Grace Under Pressure (A tenger m�ly�n)

McKay a tenger m�ly�n tal�lja mag�t egy Puddle Jumperben, ahol Sam Carter �rkezik a seg�ts�g�re.

2x15 The Tower (A torony)

Az egyik civiliz�ci� egy fejlett Õs szerkezetnek k�sz�nhetõen s�rtetlen�l v�szelte �t az elm�lt �vsz�zadokat, de az uralkod�i h�zban kit�rt visz�lyban Sheppard csapat�nak kellene d�nt�st hoznia.

2x16 The Long Goodbye (Hossz� b�cs�)

Weir �s Sheppard fenyeget�st jelentenek a v�rosra, amikor egy idegen �letforma veszi �t test�k felett az ir�ny�t�st.

2x17 Coup d'Etat (Puccs)

A Genii �jra felbukkan �s zsarol�ssal j�rmûveket akarnak szerezni egy nagyszab�s� lid�rc elleni akci�hoz.

2x18 Michael (Michael)

Michael Kenmore hadnagy egy k�ldet�st k�vetõen amn�zi�ban szenved. A fel�p�l�s�t elõseg�tõ ter�pi�ban a v�ros vezet�se szem�lyesen vesz r�szt.

2x19 Inferno (Pokol)

A csapat egy olyan vil�gba l�togat, amely �ppen megsemmis�l egy vulk�n miatt.

2x20 Allies (Sz�vets�gesek)

Michael �s egy lid�rc kir�lynõ meglepõ aj�nlatot tesz a v�ros vezet�s�nek, ha seg�tenek emberekk� alak�tani ellenfeleiket Dr. Beckett retrov�rus�val.