3x01 Az áldást hozó ének (The bleesing way)

... ( az előző rész folytatása ) a Cigarettázó Férfi által vezetett katonák tovább keresik Muldert és a számítógépes adatkazettát, amely véleményük szerint még mindig az ügynöknél van. Alfred Hosteent és családját kihallgatják és összeverik és Scullyt, aki eredménytelenül keresi fel a még mindig forró vagont, szintén kikérdezik. Ám a Cigarettázó Férfi minden kísérlete hiábavaló - nem találja Fox Muldert.

3x02 A gemkapocs (Paper clip)

... ( az előző rész folytatása ) a Mulder lakásának ajtaján kilépő alak azonban nem más, mint maga Fox Mulder. Skinner leereszti a fegyvert és előveszi a mindenki által régóta keresett számítógép-kazettát. Elmondja, hogy ez a kazetta az egyetlen esélyük, hogy bíróság elé állíthassák William Mulder gyilkosait. Skinner ragaszkodik ahhoz, hogy a kazetta továbbra is nála legyen.

3x03 D.P.O. (D.P.O.)

Darin Oswald, a 19 éves connervillei srác, szóváltásba keveredik a 21 éves Jack Hammond-al egy videójáték miatt. A vita odáig fajul, hogy az erősebb Jack a földre löki Darint. Pillanatokkal később a helység elektromos berendezései látszólag Darin irányítása ál kerülnek. Jack megijed és kiszalad a teremből, egyenesen a parkolóban veszteglő kocsijához. Beugrik a volán mögé, de ekkor elektromos csapás éri a járművet és Jack szörnyethal.

3x04 Clyde Bruckman végső nyugodalma (Clyde Bruckman's final repose)

Egy vékony és látszólag barátságos férfi, a Bábu, keresi fel Madam Zelma jósdáját. Amikor Madam Zelma nagyobb érdeklődést mutat a Bábu pénze, semmint a jövőjének kiolvasása iránt, a férfi megfojtja.

3x05 A lista (The list)

Napoleon "Neech" Manleyt, a jóképű rabot, halálos ítéletének megfelelően villamosszékben kivégzik. Néhány nappal később az egyik börtönőrt holtan találják abban a cellában, ahol Neech 11 évig raboskodott. Mulder elmondja Scullynak, hogy Neech nagyon mélyen hitt a reinkarnációban és megesküdött, hogy halála után visszatér a sírból és bosszút áll azon az öt emberen, akik megkeserítették az életét.

3x06 Veszélyes kapcsolat (2Shy)

Mulder és Scully egy clevelandi nyomozónak, Alan Cross-nak segít egy brutális gyilkosság felderítésében. Az eset kapcsán egy női holttestet találtak, amely teljesen kiszáradt és valami azonosíthatatlan nyálka fedte a tetemet. Mulder összefüggésbe hozza ezt az esetet egy korábban kezdődött sorozatgyilkossággal, amelynek során olyan nők estek áldozatul, akik társkereső hirdetésekre válaszoltak.

3x07 Séta (The walk)

Victor Stans alezredes bezárkózik a rehabilitációs szobába egy katonai kórház pincéjében és öngyilkosságra készül. A melegvizes masszírozókád vízhőmérsékletét forráspontra állítja, majd bele akar ugrani. Ekkor egy hang szólal meg a szobában, majd egy láthatatlan erő betöri a riasztó üvegét. Ugyancsak ez a láthatatlan hatalom kinyitja a bezárt ajtót, miközben Stans beleveti magát a kádba. A sietve érkező nővér azonban időben kimenekíti az alezredest.

3x08 Nefelejcs (Oubliette)

Mulder és Scully egy 15 éves lány, Amy Jacobs, eltűnésének ügyében kezd nyomozni. A lányt a házából rabolta el egy ismeretlen. A helyi nyomozó, Eubanks, vércseppeket talál a lakás szőnyegén, ami arra utal, hogy Amy orra vérzett, amikor elragadták.

3x09 A vonat (Nisei)

Mulder elragadtatva néz végig egy postán rendelt videófilmet, egy állítólagos földönkívüli lény boncolásáról. A felvételeken egy japán orvoscsoport végzi a boncolást. A kazettának azzal van vége, hogy fegyveres katonák jelennek meg meg a műtőben.

3x10 Félemberek (731)

...( az előző rész folytatása ) X elmondja Scullynak, hogy a nyakából kioperált chip a kulcs mindahhoz, amire választ keres.

3x11 Jézus sebei (Revalations)

Az ügynökök Pennsylvaniába utaznak, hogy Finley tiszteletes különös halálának ügyében nyomozzanak. A tiszteletes furcsa jelenség részese volt halála előtt, az istentisztelet közben stigmák jelentek meg a tenyerén és vérezni kezdtek. Mulder felidéz egy nemzetközi vonatkozású gyilkosságsorozatot, amelynek áldozatai mind olyan emberek voltak, akik azzal hitegették a világot, hogy stigmákat viselnek. Scully Finley holttestét vizsgálva fojtogatás nyomait találja a nyakon.

3x12 Gyilkos csótányok (War of the coprophages)

Dr. Jeff Ecklere, az ismert tudós, bogárirtót hív a házába, mert a pincéjét ellepték a csótányok. Dr. Bugger, a rovarirtó, hozzákezd a munkához, de hirtelen fuldoklani kezd és elájul. Ecklere lemegy a pincébe, hogy megnézze mi történt és rémülten látja, hogy Dr. Bugger testén ezernyi csótány mászik.

3x13 Szizigium (Syzygy)

Mulderék Comity városába utaznak, amikor a rendőrök egy gimnazista fiú, Boom Deboom, holttestére bukkantak. Angela White, a helyi nyomozó, elmondja az ügynököknek, hogy ez a harmadik ilyen eset, amikor egy gimnazista fiú az áldozat. Szerinte valami sátánista szekta állhat a bűncselekmények mögött. Scully ragaszkodik ahhoz, hogy az FBI által eddig vizsgált esetek mindegyikéről kiderült, hogy semmi köze sem volt a sátánistákhoz. Ám a fiú temetésén a koporsó váratlanul lángra lobban.

3x14 Groteszk (Grotesque)

Washingtonban brutálisan meggyilkolnak egy fiatal férfit, amint az hazafelé tart egy óráról, ahol rajzoló diákoknak állt modellt. Az FBI gyanúja szerint a gyilkos az egyik diák, John Mostow, akit más fiatal férfiak meggyilkolásával is vádolnak. Patterson és Nemhauser ügynökök mennek ki, hogy letartóztassák Mostow-ot, ám a fiú nem adja meg egykönnyen magát és beleharap Nemhauser karjába. Öt nappal a diák letartóztatása és őrizetbe vétele után, újabb áldozat kerül elő, akit hasonló brutalitással öltek meg.

3x15 Piper maru (Piper maru)

A Piper Maru nevű mentőhajó horgonyt vet a szélfútta Csendes-óceán közepén. A franciául beszélő legénység egy Gauthier nevű nehézbúvárt enged le a mélybe. Gauthier odalent egy II. világháborús vadászrepülőt fedez fel, ami nagy örömmel tölti el őt és a kamerákon át figyelő kollégáit. Ám amikor Gauthier közelebb megy és bepillant a pilótafülkébe, egy élő embert lát, akinek a szeme teljesen fekete. A búvár hallucinációnak véli az egészet és gyorsan a felszínre emelkedik. Amikor a társai segítenek neki levetkőzni, nem veszik észre, hogy most már Gauthier szemét fedi a fekete hártya.

3x16 Apokrif iratok (Aprocypha)

...( az előző rész folytatása ) egy visszaemlékezésben kormányügynököket látunk
( köztük az ifjú William Muldert és a Cigarettázó Férfit ), akik egy sugárfertőzésben szenvedő tengerész halálos ágya mellett állnak. A tengerész a Zeus Faber egyik tagja, aki elmondja, hogy a hadsereg megtévesztette őket, mert nem is az atombombáért kellett menniük, hanem egy lezuhant földönkívüli űrhajóért. Az űrhajó idegen lakója azonban beférkőzött a tengeralattjáróba és megtámadta a legénységet. A Cigarettázó Férfi biztosítja a tengerészt, hogy a kormány nyilvánosságra fogja hozni az ügyet és felelősségre vonja a hadsereget.

3x17 A törtető (Pusher)

Egy virginiai zöldségpiacon Frank Burst ügynök és tucatnyi rendőr letartóztatnak egy férfit, aki csak a Törtető néven ismeretes. A bűnözőt kezén-lábán megbilincselik és egy rabszállító személyautóba ültetik. A seriffet és Burst ügynököt, vastag ólomüveg választja el a Törtetőtől. Amikor a rendőr éppen egy forgalmas országútra akar felhajtani és a besorolásra vár, a Törtető mentális képességeit használva befolyásolja a seriff akaratát, aki így behajt az útra, egyenesen egy száguldó kamion elé.

3x18 Az átok (Teso dos bichos)

A dél-amerikai Teso Dos Bichos városa mellett, a secona indiánok egy Amaru urnára bukkannak egy temetkezési hely régészeti feltárása során. Az urna belsejében egy indián sámánnő maradványai vannak, amelyet a helybéli lakosok szentnek tartanak. Bilac, a brazil munkavezető, arra kéri az ásatás vezetőjét, Dr. Roosevelt-et, hogy temessék vissza az urnát és hagyják békében nyugodni azt. Roosevelt azonban ragaszkodik hozzá, hogy az Egyesült Államokba szállítsák az értékes leletet. Később Bilac részt vesz egy ijesztő indián-szertartáson és elfogyasztja a yaje-nek nevezett furcsa italt. Pillanatokkal később egy jaguár forma állat megtámadja Dr. Roosevelt-et a sátrában és végez a tudóssal.

3x19 A Pokol váltságdíja (Hell money)

Az ügynökök San Francisco-ba, az ottani kínai negyedbe utaznak, miután a krematórium felügyelője észrevette, hogy egy ember bennégett a kemencében. Mulder a kemence ajtajának belső oldalán kínai írásjeleket és egy bankjegyköteget fedez fel. Glen Chao, a kínai származású rendőrfelügyelő, aki az ügynökök segítőtársa a nyomozásban, lefordítja a szavakat: kísértet. Azt is elmagyarázza, hogy a pénz egyfajta ajándék, a pokol váltságdíja, amit egy kínai szertartás során a szellemeknek ajánlanak fel, hogy azok békén hagyják az embereket.

3x20 Látogatók (Jose Chung's from outer space)

Scully találkozik Jose Chung íróval, aki legújabb könyvéhez gyűjt információkat. A neves szerző ezúttal egy állítólagos UFO találkozásról szeretne írni, amely Washington államban történt. Scully elmeséli, hogy egy tinédzser lányt, Chrissy Giorgo-t, eszméletlen állapotban találták meg barátja kocsijában, egy elhagyatott országúton. Chrissy fizikai bántalmazás nyomait viselte a testén. Scully arra gyanakszik, hogy a fiú megerőszakolta.

3x21 Skinner őrangyala (Avatar)

Jay Casal ügyvéd elkészíti Walter Skinner aligazgató válókeresetét. Skinner azonban úgy dönt, vár még egy napot az aláírással. Az aligazgató az Ambassador Hotel bárjában töpreng a válóperen, amikor egy igen csinos hölgy lép mellé. Beszélgetni kezdenek, majd kölcsönös magányosságuk kitárgyalása után az egyik hotelszobában töltik az éjszakát. A szeretkezés közben Skinnernek víziója támad, az ifjú hölgy öregasszonnyá válik. Ijedtében Skinner felébred és rájön, hogy csak álmodta az egészet. Amikor azonban a mellette fekvő hölgyre pillant, rémülten állapítja meg, hogy a nő halott.

3x22 Veszélyes vizeken (Quagmire)

Dr. Paul Farraday biológus és Dr. William Bailey erdész arról vitatkoznak, hogy vajon mi lehet az oka a Georgia állambeli Heuvelmans-tóban történő, nagyarányú békapusztulásnak. Beszélgetésük végeztével Bailey a parton sétál, amikor valami rátámad és végez vele.

3x23 Agymosógép (Wetwired)

Egy titokzatos informátor értesíti Mulder ügynököt, hogy egy városban sorozatosan fordulnak elő gyilkosságok, amelyekben a tetteseknek különös látomásaik vannak. Bár Fox nem tudja ki az informátor, illetve, hogy kinek dolgozik, mégis nyomozni kezd az ügyben. Ő és Scully felkeresnek egy elmegyógyintézetet, ahol Joseph Patnick-ot, az egyik gyilkost, kezelik. A férfi váratlanul feldühödik miközben a televíziót nézi és törni-zúzni kezd. Dr. Stroman, a kezelőorvos, szerint Patnick hallucinációktól szenved.

3x24 Leányka, kelj fel! (Talitha Cumi)

Egy forgalmas arlingtoni gyorsétkezdében Galen, a zavarodott férfi, lövöldözni kezd a vendégekre. Egy rendőr viszonozza a tüzet és súlyosan megsebesíti Galent. Ekkor egy kedves mosolyú ember lép elő és tenyerét Galen sérülésére helyezi. hamarosan a seb begyógyul. Mire Mulder és Scully a helyszínre érkeznek teljes a káosz, mert a mentősök egyetlen sebesültet sem találnak, mindenki meggyógyult. Tovább nehezíti a helyzetet, hogy a titokzatos jótevő nyomtalanul eltűnt a színhelyről.