4x01 Adrift

A Pegazus-replikátorok pusztító támadása után Atlantisz ismeretlen ûrben reked 24 órára elegendõ levegõvel, így az expedíciónak valahogy meg kell javítania a város hiperhajtómûvét. Dr. Weir életét egy súlyos sérülés fenyegeti.

4x02 Lifeline

Sheppard alezredes és csapata ZPM-et akarnak szerezni a Replikátoroktól, hogy megmenthessék Atlantiszt, miközben Sam Carter ezredes és az Apollo hajó az idõvel versenyezve kutatnak a város után.

4x03 Reunion

Rononnak el kell döntenie, hogy kik a barátai, mikor találkozik anyabolygójának túlélõivel, akik rá akarják venni, hogy csatlakozzon hozzájuk és hagyja ott a földi expedíciót.

4x04 Doppelganger

Egy idegen világon Sheppard alezredes csapata belebotlik egy kristály-létformába, amely azonban behatol az elméjükbe és Sheppard alakját felvéve álmaikban terrorizálni kezdi õket. Az expedíciónak meg kell állítania a lényt.

4x05 Travelers

Az egyik felderítésen Sheppard alezredest fogságba ejti egy magukat Utazóknak nevezõ faj, akik évszázodok óta csillaghajókon élve járják a galaxist Õs technológiák után kutatva, hogy késõbb elpusztíthassák a lidérceket.

4x06 Tabula Rasa

Egy vírus Teyla és Ronon kivételével mindenkinél amnéziát okoz Atlantiszon, ezért az expedíciónak meg kell találnia a gyógymódot, ha nem akarják örökre elveszteni az emlékeiket.

4x07 Missing

Mikor Új Athoszra utaznak, Teylát és Dr. Kellert megtámadja egy agresszív, primitív emberi törzs, miközben az athosziak a jelek szerint eltûntek.

4x08 The Seer

Miközben egy lidérc felkeresi az expedíciót, Carter ezredesnek el kell döntenie, hogy hallgat-e egy olyan jós látomásaira, aki szerint Atlantisz mindenképpen pusztulásra van ítélve.

4x09 Miller's Crossing

McKay húgát a Földön túszul ejti egy Henry Wallace nevû tudós, aki halálosan beteg lányát atlantiszi nanotechnológiával szeretné meggyógyítani. Sheppard és Ronon a Földre utaznak, hogy megmentsék a tudósokat.

4x10 This Mortail Coil

Egy rejtélyes, idegen tárgy csapódik Atlantiszba, és az expedíció egy idõ után attól tart, hogy a Replikátorok rájöttek hol van a város, és a becsapódott szondán keresztül elkezdték megfertõzni õket.

4x11 Be All My Sins Remember'd

Az expedíció felkeresi a hanyatló lidérc anyaflottát, hogy a segítségüket kérjék a replikátorok elleni közelgõ háborúhoz, akik támadásaikkal már az egész galaxis népességét fenyegetik.

4x12 Spoils Of War

A csapat felkeres egy elhagyott lidérc kaptárhajót, amelynek adatbázisából kiderül, hogy létezik egy lidércek által szentnek tekintett hely, amely nagyban hozzájárult az Õsök feletti gyõzelmükhöz.

4x13 Quarantine

Egy Atlantiszon folytatott karanténteszt próbára teszi az expedíción belüli kapcsolatokat.

4x14 Harmony

Sheppard alezredesnek és Dr. McKay-nek meg kell védenie egy idegen világ trónörökését, akire a beavatási szertartáson Genii katonák támadnak rá.

4x15 Outcast

Sheppard alezredesnek újra szembesülnie kell Atlantisz elõtti életével, mikor õt és Ronont a Földre küldik, hogy megtaláljanak egy emberformájú Replikátort, aki megszökött az IOA egyik laborjából.

4x16 Trio

Egy küldetés során Dr. McKay, Carter ezredes és Dr. Keller csapdába esnek egy föld alatti kamrában, amelybõl láthatóan nincs kiút, és nekik sincsenek meg a megfelelõ eszközeik a menekülésre.

4x17 Midway

Miközben Teal'c látogatást tesz Atlantiszon, a lidércek elfoglalják a Midway Állomást, hogy az Intergalaktikus Kapuhídon keresztül eljussanak a Földre. Teal'c-nek és Rononnak ezt meg kell akadályoznia.

4x18 The Kindred I.

Egy nem természetes eredetû, új betegség söpör végig a galaxison, miközben Teylát látomások gyötrik, amelyekben gyermekének több hónapja elveszett apja próbálja felvenni vele a kapcsolatot.

4x19 The Kindred II.

Teyla megszállottan keresi a kiutat Michael börtönébõl, akinek komoly tervei vannak a gyermekével és az athosziakkal kapcsolatban. Eközben az expedíciót sokkolja halottnak hitt barátjuk visszatérése.

4x20 The Last Man

Sheppard alezredes visszatér egy küldetésrõl, és azt látja, hogy Atlantiszt elhagyták, a számítógépes rendszerek halottak - és a várost az óceán helyett sivatag veszi körül, amíg a szem ellát.