2x01 Apró zöld emberkék (Little green men)

A Puerto Rico-i Arecibo, Ionoszféra megfigyelő állomás poros, pókhálós műszaki berendezései hirtelen, minden látható erőtől függetlenül, bekapcsolódnak.

2x02 A gazda (The host)

	Egy orosz hajón az egyik hajós, Dmitri a WC csészét tisztítja, de hirtelen valami behúzza a csatornába. Legközelebb a szárazföldön, valahol Newarkban kerül elő a holtteste félig megrágva.

2x03 Vér (Blood)

	A Pennsylvania-i Franklin város Postahivatalának egyik alkalmazottja, Ed Funsch, névtelen levelet kap. Nem sokkal később a főnöke elbocsátja. Hirtelen az egyik gép digitális számlapján egy pirosan pulzáló feliratot pillant meg: “Ölj, öld meg őket. Öld meg mindet.”

2x04 Álmatlanság (Sleepless)

	Dr. Saul Grissom Manhattan-i otthonának ajtajában tüzet lát pislákolni, ezért hívja a tűzoltókat. Egy sötét bőrű férfi azonban éppen akkor hagyja el az épületet, és a kiérkező tűzoltók már semmit sem találnak Grissom holttestén kívül. Még tüzet sem, ám Grissom halála előtt egy egész poroltónyi oltóanyagot fújt arra a helyre, ahol a tüzet vélte látni.

2x05 Duane Barry (Duane Barry)

	Éjszaka egy férfi felébred a házában, lihegve, izzadtan. Éles fények és alacsony, nagyfejű, csak körvonalakban látszó alakok veszik körül. Egy láthatatlan erő felemeli az ágyából és így, magatehetetlenül lebegve sikoltozik segítségért. A házat kívülről szemlélve látszik egy űrhajó, melynek aljából fénycsóva lövell a háztető felé.

2x06 Fel a csillagokba (Ascension)

	...( az előző rész folytatása ) Mulder lehallgatja otthon az üzeneteit, és hallja, ahogy Scully segítségért kiabál. Mire Scully lakásához ér, már nem talál ott senkit, csak a helyszínelő rendőröket és Scully anyját, Margaretet.

2x07 Szentháromság (3)

	Egy férfi az esti partin felszedett nővel fürdőzik, mikor az hirtelen rátámad, majd egy másik férfi tűnik fel injekciós tűvel a kezében.

2x08 Egy lélegzet (One breathe)

Mulder minden tiltakozása ellenére, Scully édesanyja megrendeli eltűnt lányának a sírkövet. Nem sokkal ezután Dana kómában lévő teste titokzatos körülmények között felbukkan egy helyi kórházban. A nőt a gépek tartják életben és állapota válságos. Arról nincs feljegyzés, hogy miként került a kórházba, illetve, hogy ki hozta be. Mulder rettenetesen dühös. Az orvos elmondja neki, hogy Dana végrendeletében az áll, hogy ilyen esetben szakítsák meg az életfenntartó berendezések működését és hagyják meghalni.

2x09 Tűzjáró (Fire walker)

	Adam Pierce, a kaliforniai vulkánkutató intézet technikusa, egy rejtélyes eset kapcsán keresi fel Muldert és Scullyt. Elmondja, hogy az Avalon-hegyen egy tudóscsoport dolgozik, akik nemrégen vészjelek küldtek és azonnali elszállítást kértek. Miután megszakadt velük a kapcsolat, a technikusok aktiválták a Tűzjáró névre keresztelt automatikus robotot.

2x10 Vörös múzeum (Red museum)

	Gary Kane, 16 éves gimnazista tanuló, elmegy hazulról egy titokzatos telefonhívást követően. Amikor nem tér haza időben, anyja, Bet, értesíti a rendőrséget. Két járőr egy erdei úton autózik, amikor rátalálnak az alsónadrágban kóborló fiúra. Gary semmire sem emlékszik és olybá tűnik, mintha kábítószer hatása alatt állna. A hátán egy felirat van: Ő az egyik.

2x11 Excelsis dei (Excelsis dei)

Michelle Charter az Excelsis Dei szociális otthon nővére. Mialatt szokásos éjszakai vizitjét tartva a folyosón sétál, egy láthatatlan erő támad rá, amely meg akarja erőszakolni. A támadás híre eljut az FBI-hoz, ahol felkelti Mulder és Scully ügynökök érdeklődését. A két ügynök a helyszínre utazik, a massachusettsi Worcesterbe. Az kihallgatás során Michelle azt állítja, hogy a szellem, amely megtámadta és meg akarta erőszakolni, az egyik ápoltra, Hal Arden-re hasonlított.

2x12 Aubrey (Aubrey)

	A Missouri állambeli Aubrey városában B. J. Morrow nyomozónőnek furcsa, ijesztő látomása támad. Lelki szemei előtt egy férfit lát, aki éppen eltemet egy hullát. Morrow felismeri a helyszínt és azonnal odasiet egy lapáttal és megtalálja a holttestet.

2x13 Az ellenállhatatlan (Irresistible)

	Donnie Pfaster elveszíti az állását a helybéli temetkezési vállalkozónál, mert az rajtakapja, amint egy fiatal lány holttestéről hajat vág le. Nem sokkal Pfaster elbocsátása után, Moe Bocks FBI ügynököt értesítik, hogy valaki több hullát is kiásott a temetőben és megcsonkította őket. Azt gyanítva, hogy az esetnek kapcsolata lehet az UFO-khoz Bocks értesíti Muldert és Scullyt.

2x14 A kéz, amely sebez (Die hand die verletzt)

Egy vidéki város erdejében két tinédzser fiú és lány felkeres egy oltárszerű fatuskót, amelyet szerintük fekete mágusok használnak. Az egyik fiú, Dave Duran, tréfából imádkozni kezd, remélve, hogy ezzel ráijeszt a lányokra. Ám a vicc visszafelé sül el és az ima megidéz egy hatalmas, gonosz erőt. A fiatalok megrémülnek és pánikszerűen menekülnek. Az egyiküket, Jerry Stevens-t, azonban elkapja az ismeretlen erő. Szétroncsolt holttestét másnap vadászok találják meg.

2x15 Friss csontok (Fresh bones)

Mulder és Scully Észak-Karolinában kezdenek nyomozni, amikor két katona is meghal titokzatos körülmények között. Mindketten a Haitiból érkező menekülteket elszállásoló táborban teljesítettek szolgálatot és mindkettejük balesetben hunyt el. A hivatalos vizsgálat is balesetként zárta le az ügyeket, de az egyik áldozat felesége, Robin McAlpin, másképp vélekedik. Jack McAlpin autóbalesetben vesztette életét. Az ügynökök megvizsgálják a helyszínt és az egyik fa törzsén különös ábrát fedeznek fel. Robin elmondja az ügynököknek, hogy az egyik katona, Harry Dunham, szerint a halálesetek hátterében a voodoo mágia áll.

2x16 Látogatók (Colony)

Az eszméletlen és hipotermiában szenvedő Mulder ügynököt egy helikopter szállítja egy alaszkai támaszpontra. Scully azonnal a helyszínre érkezik és számos doktort talál partnere körül, aki a megmentésén fáradoznak. Fox szívműködése leáll, mire Dana kiveteti Mulder testét a forró vízből ( amelyben eddig tartották, hogy felmelegítsék ) és hideg vízbe rakatja, mert szerinte az a megfelelő. Mialatt az orvosok az ügynök életben tartásán igyekeznek, megismerjük a történetet, amely idáig vezetett...

2x17 Végjáték (End game)

	...( az előző rész folytatása ) A Beaufort-tenger mélyén egy tengeralattjáró halad, amikor a víz alatti radar egy nagy, azonosítatlan járművet jelez a vízben. A parancsnok utasítást kap a főhadiszállásról, hogy azonnal semmisítse meg az idegen objektumot. Ám mielőtt a torpedókat kilőhetnék, egy erős lökéshullám éri a tengeralattjárót, amelynek reaktorai ettől megbénulnak.

2x18 Rettentő szimmetria (Fearful symmetry)

Egy láthatatlan erő rázza meg az idahoi Fairfield utcáit. Két gondnok döbbenten látja, amint egy kirakatüveg szilánkokra robban és a környéket beterítik az üvegdarabok. Egy építőipari munkás meghal, ahogy az erő végigsöpör az utcán, ahol dolgozik. Nem sokkal később egy hatalmas testű indiai elefánt jelenik meg a semmiből. Az állat addig fut, amíg a kimerültségtől össze nem esik és a köréje gyűlt bámészkodók szeme láttára el nem pusztul.

2x19 A hajó (Død Kalm)

Mulder információt kap egy amerikai hadihajó, az U.S.S. Ardent eltűnéséről. Egy kanadai teherhajó ugyan felvett tizennyolc menekültet, de csak az egyikük, Richard Harper hadnagy, maradt életben közülük. Harpert a Bethesda Katonai Kórházba szállították és szigorú őrizetben tartják. Scully bebocsátást nyer a kórházba és meglepve tapasztalja, hogy a 28 éves tiszt úgy néz ki, mint egy százéves öregember.

2x20 Szemfényvesztés (Humbug)

Mulder egy 28 éve tartó sorozatgyilkosságról mesél Scullynak, amely szerte az országban történik. Az legutolsó áldozat Jerald Glazebrook, aki az Alligátorember művésznéven cirkuszokban lépett fel. Az ügynökök Gibsontownba utaznak, hogy részt vegyenek Glazebrook temetésén. Kiderül, hogy a kisváros minden lakója szenved valamilyen testi deformációt és legtöbbjük Glazebrook-hoz hasonlóan cirkuszokban és varietékben szerepelnek.

2x21 A gonosz szíve (The Căluşari)

Mulder és Scully Teddy Hovley, egy kétéves kisfiú halálának ügyében nyomoz. Teddy egy repülő léggömböt kergetett egy vidámparkban, miközben elgázolta a kisvonat. Mivel fényképek is készültek az esetről ( számos videókamerás és fényképezőgépes szülő jóvoltából ), Mulderék elemzik a felvételeket. Kiderül, hogy a léggömb nem magától repült, hanem egy torz szellemalak mozgatta és egyenesen a vonat kerekei alá csalta a kisfiút. Mulder szerint poltergeistről van szó.

2x22 A járvány (F. Emasculata)

	Bobby Torence, a Cumberland megyei fegyház rabja, egy titokzatos csomagot kap, benne egy disznólábbal. Nem sokkal a csomag felbontása után a férfi nyakán és arcán golyvaszerű pattanások jelennek meg. Áthelyezik a börtönkórházba, ahol két orvos, Auerbach és Osborne doktorok kezelik. A celláját kitakarítja két rab, Paul és Steve, akik kapva a váratlan lehetőségen, megszöknek a szennyeskocsival.

2x23 Szórt fény (Soft light)

Az ügynököket egy richmondi hotelbe hívja Kelly Ryan detektív, aki az akadémián Scully tanítványa volt. Ryan, akinek ez az első saját ügye, több ember eltűnésével kapcsolatban vezet nyomozást. A legutóbbi áldozat Patrick Newirth, aki a hotelszobájából tűnt el nyomtalanul. Az egyetlen támpont az szobaajtó belső felén, a szőnyegbe égett furcsa mintázat. Mulder észreveszi, hogy a folyosón lévő villanykörtét valaki kilazította. Elküldi az izzót ujjlenyomat vizsgálatra.

2x24 A mi városunk (Our town)

Az ügynökök egy kicsiny városba utaznak, az arkansasi Dudley-be, miután George Kearns, a szövetségi baromfitenyésztési felügyelő, rejtélyes körülmények között eltűnik. Arens serif segítségével Mulder és Scully megvizsgál egy helyszínt, egy mezőt, ahol a helybéli lakosok furcsa villódzó fényeket láttak. Megtalálják valamiféle ceremónia vagy szertartás nyomait a talajon. Később kikérdezik Kearns feleségét, aki elmondja, hogy férje nagy szoknyabolond volt és feltehetőleg volt egy fiatal barátnője is.

2x25 Anasazi (Anasazi)

A Gondolkodó becenévre hallgató számítógépkalóz betör a Védelmi Minisztérium adatbankjába és letölt egy anyagot, amely bizonyítja a földönkívüliek létezését. A számítógépes kazettát átadja Muldernek, akinek a kezdeti lelkesedése megcsappan, amikor kiderül, hogy az egész anyag navajo nyelven íródott. Scully megígéri, hogy talál valakit, aki lefordítja. Skinner aligazgató kérdőre vonja Muldert, hogy mi igaz abból, hogy Fox valami kényes anyagot birtokol az ő tudta nélkül. Mulder váratlanul cselekedve megüti Skinnert. Az aligazgató tájékoztatja Scullyt, hogy egy bizottság dönt arról, hogy Muldert simán elbocsátják-e vagy meg is büntessék.