1x01 A kezdet

Egy repülőgépen az összes utas meghal, pedig a robotpilóta a gépet épségben lehozza Boston repterén. Biológiai terrorizmusra gyanakszanak. A helyszínre érkező Olivia Dunham fiatal FBI-ügynöknő társa is megbetegszik, Olivia pedig mindent megtesz, hogy megmentse. Nyomozásba kezd, és így jut el dr. Walter Bishophoz, egy zseniális, de elmegyógyintézetben élő tudóshoz, aki segíthet Olivia társán. Mivel csak családtag látogathatja a tudóst, ezért felkutatják annak fiát, Peter Bishopot. Mivel Olivia társa épp kómában van, természetesen az apjától örökölt szuper aggyal megáldott Peter Bishoppal nyomoz tovább, és már az első, dupla epizódban rájönnek, hogy a gépen történt furcsa események csak a jéghegy csúcsát jelentik, egy óriási összeesküvés fenyegeti a világot.

1x02 Régi ügy

A Bromley kórházban történt fura eset kivizsgálására küldik az FBI különleges csapatát. Éjfél után 17 perccel egy nőt találtak a kórház előtt, akinél megindult a szülés. Összeesett, és erős alhasi fájdalmai voltak. 2:24-kor, kevesebb, mint 2 perccel azután, hogy halottnak nyilvánították, a nő anya lett. A babát sikerült megmenteni, de az újszülött látványa megrázó volt. Üvöltött a fájdalomtól. Betették egy mózeskosárba, amikor át akarták szállítani az intenzív osztályra, akkor fedezték fel, hogy valami gond van. Növekedni kezdett a szemük láttára. Körülbelül fél óráig volt életben. Majd természetes halált halt. Rájöttek, hogy a gyerek nem csak növekszik, hanem öregszik is. A csapat feladata ezúttal megtalálni egy olyan sorozatgyilkost, aki elveszi mások agyalapi mirigyeit, hogy a segítségével fiatal maradjon.

1x03 Új hullámokon

A különleges csoportot egy újabb eseményhez riasztják. Egy busztragédia következett be reggel 8: 14-kor. A csúcsforgalom idején. Az első jelentések vegyi támadásról szóltak. Hasonlóra gyanakodtak, mint ami 1995-ben történt a tokiói Sarin metróban. Kihívták a Járványügyi Hivatalt, akik megerősítették, hogy nem biológiai támadás történt. Semmi jel nem mutatott erre. A csapat hamarosan átszállítsa ezt a buszt egy biztosított területre, majd megkezdi a nyomozást. Képbe kerül egy fiatalember is, Roy McComb aki azt álltja, hogy látomásai vannak az eseményekről még mielőtt megtörténnek. Walt kideríti, Ray képes arra, hogy az agyával rákapcsolódjon valakinek a telefonos hálózatára, majd lefordítsa az érzékelt jeleket. Az egyik nő, aki meghalt a buszon, a Kábítószerügyi Hatóságnak dolgozott. Volt nála egy táska, amit elloptak. Kiderül, hogy beépített ügynökként tevékenykedett, viszont az összekötője, Grant Davidson sem maradhat ki az ügyből.

1x04 Az érkezés

Egy rejtélyes henger kerül felszínre a Föld alól New York Cityben, úgyhogy Broyles megbízza Olíviát, Dr. Bishop-ot és Petert, hogy vizsgálja a tárgy jelentőségét. Mindazonáltal mások is próbálnak a tárgy közelébe férkőzni. Köztük egy férfi, akit Observerként ismernek. Bishop elrejti a hengert a csapat elől, hogy miért teszi, az a mostani részből kiderül. Olivia pedig váratlan találkozásban részesül, hiszen egy nemrég elvesztett ismerős bukkan fel a lakásában.

1x05 Áramütés

A csapat egy fura liftbaleset helyszínére vonul ki, hogy rájöjjenek milyen energialökés hatására zuhant le a személyszállító, és ki áll a tragédia hátterében. Kiderül, hogy az emberekkel hőelektromos sérülés végzett és már meghaltak, mielőtt a lift becsapódott volna. Olivia nem tudja kizárni véglegesen az életéből John Scottot. Dr. Walter Bishop elméletének hála hamarosan a nyomára bukkannak annak a férfinak, aki az ügy mögött áll.

1x06 Az ellenszer

Egy nő, akit egy ritka betegséggel diagnosztizáltak, eltűnik a kórházból és Massachusettsben bukkan fel ismét, miközben halálos sugárzást bocsát ki. A lány halála után az FBI különleges nyomozócsoportja kideríti, hogy a nő a Bellini-féle limokémában szenvedett, de hamarosan gyógyulni kezdett a halálos betegségből. Hamarosan egy másik beteg is eltűnik a massachusettsi Actonból. Néhány beteg, akiknek nem volt gyógymód, időzített radioaktív tablettákat kezdett el szedni. Viszont David Esterbrook, aki az Intrepus gyógyszerkutatási részlegét vezeti, ezeken a betegeken kezdett el kísérletezni, aminek nem várt következményei lettek. Esterbrook a felelős az erőteljes kongresszusi lobbikampányért, amivel elérte, hogy az Intrepus kiterjeszthesse az erősen vitatott kutatásainak körét. Mint például: A szülés előtti génterápia, ember-állat hibrid kutatás, vagy a biológiai hadviselés.

1x07 Mr. Jones

Minden másodperc számít mikor egy furcsa, majdnem-túlvilágias élősködő titokzatos körülmények közt rátapad egy haldokló FBI ügynök belső szerveihez. Az esetet a mintával hozzák összefüggésbe. Dunham elutazik Németországba, hogy találkozzon egy bebörtönözött emberrel, aki felfedi egy sokkal nagyobb fenyegetés zavarba ejtő részleteit. Időközben Peter és Walter megpróbálnak segíteni Oliviának.

1x08 Eltűntek

A Connecticut-i Middletownban egy fiatal zenei tehetséget elrabolnak. A kisfiú neve Ben Stockton. Az apa elmondása szerint egy iskolai ünnepségről tartottak hazafelé előző este, amikor észrevett egy nőt, akinek lerobbant az autója. Állítása szerint, amikor megvizsgálta a hölgy autóját, történt valami. Azt mondta, hogy olyan volt, mintha ugrott volna az időben. Csak egy sorozatosan villogó piros-zöld fényt látott a motorházban, majd a fia és a nő, az autójával együtt hirtelen eltűnt. A vallomásában kihangsúlyozta, hogy nem vesztette el az eszméletét. Broyles szerint nem ez az első alkalom, hogy ilyen történt. Az utóbbi 10 évben eltűnt személyek aktájából kiderül, minden esetben a szemtanúk ugyanarról a nőről adtak leírást. De akármit is tettek velük korábban, megőrültek tőle. Walter ezt az esetet, egy korábbi történéssel kapcsolja össze, amit a St. Claire elmegyógyintézetben hallott. A férfi visszamegy a St. Claire-be, hogy információt szerezzen az egyik betegtől.

1x09 Álomcspda

Egy Massive Dynamic alkalmazott, az képzeli, hogy megtámadják a lepkék. A férfi, (Ptolemy Slocum) hogy elmeneküljön előlük, kiugrik az ablakon. Olivia csapatát bízzák meg, hogy vizsgálja meg a fura balesetet. Dunham meg nem magyarázott együttműködése Agent Scott-tal (Mark Valley) az ügyben látható előrehaladáshoz vezet, de a nő kétségbeesésében váratlan lépésre szánja el magát, hogy megszabadítsa a tudatát Scott-ol. Visszamegy a tartályba. Peter kapcsolatba lép volt barátnőjével, de a dolgok nem úgy alakulnak, ahogy ő azt várta.

1x10 Széf

Egy sorozatos bankrablás veszi kezdetét, ami nem is lenne megemlítésre való, de az egyik esetet követően a különleges nyomozó csoport szembetalálja magát egy furcsa esettel. A bank falában megtalálják az egyik elkövetőt. Walter rájön, hogy a tolvajok találtak egy módot arra, hogy ellenszegüljenek a fizika törvényének.

1x11 Kettős ügynök

Olivia megszökik a fogságból, de nem nyomozhat a saját ügyében, mert az általa korábban nemi erőszakkal vádolt Harris, a belső ügyosztály vezetője letiltja az ügyről. Közben két tudóst is megölnek az influenza vírus óriási mutációjával. A nyomozások során Olivia rájön, hogy valaki kettős ügynök a cégnél, és egy véletlen folytán fel is ismeri az elrablói közül közvetlen munkatársát, Loeböt, aki feleségére bízza Olivia likvidálását.

1x12 Hipnózisban

Valaki egy számítógépes program segítségével öl embereket. Az esetre még Walter sem tud igazán magyarázatot, csak annyit, hogy valamiféle hipnózis hatására, akik ezt a programot, illetve képek sorozatát megnézik, meghalnak. Méghozzá úgy, hogy az agyuk elfolyik. Olivia a nyomozás során megtalálja a kapcsolatot az áldozatok között és rájön, hogy mind olyan emberek, akik életük során megbántották Brian Dempsey-t. A férfit, aki programozóként ténykedett jó néhány évig egy cégnél, ahonnan kirúgták, majd a felesége is elhagyta, és most azokon az embereken áll bosszút, akiket szerinte ezért terhel a felelősség.

1x13 Az átalakulás

Lezuhan egy utasokkal teli repülőgép. Az áldozatok között felismerhetetlen, állatszerű tetemet találnak. Mint kiderül, vírus fertőzte meg a férfit, ami fokozott izgalom hatására szörnyeteggé változtatta, hogy elpusztítson maga körül mindent. Olivia emlékéből az ügy kapcsán újabb képek villannak elő. John által ismerősnek találja a férfit, akit megmérgeztek. Így hamar ráakad annak üzlettársára is, akit egy alku folytán rávesz, hogy működjön együtt.

1x14 Duplacsavar

Miután David Jones megszökött a börtönből Walter rejtélyes gépének segítségével, rögtön halálesetekkel hívja fel magára a figyelmet Bostonban. Mígnem egy nap besétál az FBI-hoz és feladja magát. De csak Oliviával hajlandó beszélni, akit egy furcsa feladattal bíz meg: egy teszt elvégzésével, melynek segítségével később a nő hatástalanítani tudna egy bombát.

1x15 A látnokgyermek

Egy bontás során egy rejtett alagútban találnak egy 10 év körüli gyermeket. Az orvosi vizsgálatok szerint a fiú talán egész életét a föld alatt élte le, ezért a külső elváltozások mellett, belső képességekkel is rendelkezik. Olivia épp egy sorozatgyilkos után nyomoz, és a kisfiú ebben úgy segít neki, hogy megérzi a gyilkos jelenlétét, és miután nem beszél, leírja Oliviának a helyszínt, ahol a gyilkos megfordult, vagy megfordul majd. A gyermek után azonban a CIA is érdeklődik, és ki szeretnék őt módszeresen vizsgálni, aminek Olivia nem örül. Mégis alkut köt velük, amíg kézre nem kerítik a gyilkost, addig a gyerek náluk marad.

1x16 Mutáns

Fiatal állatvédő aktivisták betörnek egy laboratóriumba, ahol állatkísérleteket végeznek, hogy kiszabadítsák az ott fogva tartott állatokat, ám a zárt ajtó mögött valami mást is találnak. Egy hibrid fajt, amit a tudósok kísérleteztek ki. A szörny rögtön pusztításba kezd, Charlie-t is megsebzi, olyannyira, hogy utódokat fecskendez belé. Oliviáék a különös lény nyomába erednek, mert szükség van a vérére, nem csak azért, hogy elpusztítsák, hanem ahhoz is, hogy megmentsék Charlie-t.

1x17 Rémálom

Olivia különös gyilkosságokat lát, melyeknek ő a főszereplője. Ártatlan embereket öl álmában, akik a valóságban is meghalnak. Noha az ügy nem lehetne a hatásköre, miután maga is érintett benne, Broyles engedélyt ad neki a nyomozásban. A felvételek során Oliviának feltűnik egy fiatalember, Nick Lane, aki rendre megjelenik a gyilkosságok helyszínén, és meggyőződése, hogy az a férfi lesz a kulcs a megoldáshoz. Meg is találja őt, és kiderül, hogy gyermekként ő is kapott az ún. Cortexiphan nevű szerből, ami a megérzésekre és az érzések fejlesztésére hat.

1x18 Lehull a lepel

Újabb sorozatgyilkos garázdálkodik Bostonban. A nő, kíméletlen módon végez áldozataival. Gyakorlatilag szétmarcangolja őket, és kiszívja gerincvelejüket. A nyomozás során Olivia eljut Dr Boone-hoz, aki elmondja, hogy kísérleteket végzett a ZFT számára, és ennek egyik "végterméke" a most felbukkant gyilkos, aki, mint kiderül a saját felesége. A nőt egy szerrel oltották be, melynek hatására létfontosságúvá lép nála elő a gerincfolyadék- mint táplálék megszerzése. Boone már megkezdte az ellenszer kidolgozását, de eddig sikertelenül. Ennek tudatában Boone kipakol az FBI-nak, elmond mindent, amit a ZFT-ről és annak vezetőiről tud. Állítása szerint az egész szervezet motorja az a William Bell, aki a Massive Dynamics alapítója is, és aki eddig feddhetetlennek számított.

1x19 Járatlan út

Egy bostoni nő az utca közepén minden ok nélkül felgyullad, majd felrobban. Walter a spontán öngyulladással magyarázza az esetet. Minden jel arra mutat, hogy Bell régebbi gyógyszerkísérleteivel függ össze az eset, amelyekben Olivia is részt vett. A hatóságok vizsgálatot indítanak Bell és a Massive Dynamic ellen, Nina Sharp azonban felhívja a figyelmüket a Figyelők gyakoribb feltűnésére, amiért az életével fizet. Walterhez is beállít egy ilyen Figyelő, és magával hívja.

1x20 Másvilág

A Nina Sharp elleni merénylet végül is nem sikerül. A nő túléli a támadást, de állítása szerint Jones ellopott tőle egy nagyon fontos tárgyat. Egy olyan energiacellát, aminek a segítségével a párhuzamos világokban utazhat. Olivia és a csapat is talál egy energiacellát, aminek a segítségével meggátolja, hogy Jones átjusson, és ott William Bell után vadásszon. Walter ismételten eltűnik, ám ezúttal üzenetet is hagy fiának, aki mint kiderül, talán nem is a fia.