5x01 Search and Rescue

Miután a Teylát keresõ csapat Michael bolygóján rekedt, Carter ezredes, Dr. Keller és Alicia Vega százados a megmentésükre indulnak, miközben Michael az ûrbõl továbbra is figyeli az eseményeket.

5x02 The Seed

Miután Teyla megszülte a gyermekét, az expedíció tagjainak figyelme új parancsnokuk felé fordul, akinek szokatlan vezetési módszerei enyhe elégedetlenséget szülnek Atlantiszon.

5x03 Broken Ties

Ronont foglyul ejtik a lidércek, hogy megtérítsék õt a hívõjüknek, és Sheppard alezredesék csupán az áruló Tyre segítségére számíthatnak, ha meg akarják menteni barátjuk testét és lelkét.

5x04 Daedalus Variations

Sheppard csapata megtalálja az ûrben sodrodó, elhagyatott Daedalus-t. A hajónapló utolsó bejegyzése egy bizonyos "Sobol" ezredestõl származik, akirõl azonban korábban senki sem hallott.

5x05 Ghost in the Machine

A Replikátorok rájönnek a felemelkedés titkára.

5x06 The Shrine

McKay viselkedése drámaian megváltozik, amelynek valós hátteréről túl későn kezdenek el társai tanakodni,.

5x07 Whispers

Sheppard, Beckett, és Vega csapata egy bolygón megtalálják Michael egyik kísérleti laborját, ahol az Iratus bogarak és emberek keresztezését végezte.

5x08 The Queen

A Todd nevű Lidérc le szeretne bonyolítani egy tárgyalást egy másik lidérc kaptárhajóval, ezért Teylát Lidérc királynővé alakítják.

5x09 Tracker

McKay, Keller és Ronon egy másik Lidércek által sportból vadászott Üldözött férfival találkozik.

5x10 First Contact

Dr. Daniel Jackson Atlantiszra megy, hogy az Ősök közé tartozó Janus munkáit tanulmányozza.

5x11 The Lost Tribe

Todd az elrabolt Apolló nevű hajóval Janus bázisa felé tart, ahol Jackson és McKay szokatlan vendéglátója készül végleg leszámolni a Lidércekkel. Sheppard és Zelenka az Utazók segítségével próbálják megmenteni barátaikat.

5x12 Outsiders

Az expedíció által áttelepített, Lidércekre immunis Balaran nevű nép túlélőknek új otthonukból is távozniuk kell, amikor azok ellenük fordulnak a Lidércek zsarolása után.

5x13 Inquisition

Sheppard csapatát felelősségre akarja vonni a Pegazus-galaxis ellen elkövetett bűneiért egy ember népekből álló szövetség.

5x14 Prodigal

Michael a teremtényeivel megszállja Atlantiszt, hogy végre felhasználhassa Teyla gyermekét a kísérleteihez, azonban nem akar megállni a rablótámadásnál, ezért eldönti, hogy kiteljesíti bosszúját és felrobbantja a várost.

5x15 Remnants

Miközben Sheppard-öt foglyul ejti egy régi ellensége és Woolsey összebarátkozik az expedíció egy új, rejtélyes tagjával, McKay és Zelenka felfedezik Atlantisz új bolygójának őslakóit, valamint, hogy mire van szükségük az életben maradáshoz.

5x16 Brain Storm

A Földön Dr. McKay-t egyik tudós riválisa meghívja egy úttörő találmányának tesztelésére, és McKay úgy dönt, hogy Kellert viszi magával az estélyre. Végül azonban csak McKay tudása segíthet megelőzni egy totális katasztrófát.

5x17 Infection

Sheppard és Lorne csapata átvizsgálnak egy elhagyatott lidérc kaptárat, amely Atlantisz közelében bukkant elő a hipertérből. Miközben McKay és Keller próbálnak rájönni a kaptár titkára, kiderül, hogy a hajó nem is olyan élettelen, mint azt először hitték.

5x18 Identity

Egy Neeva nevű bűnöző egy Ős szerkezetet használ fel arra, hogy testet cserélhessen Dr. Kellerrel, így a tolvajnő Atlantiszon, Keller pedig az ő bűnöző társai mellett ébred, akiket üldöznek a helyi település lakói.

5x19 Vegas

Sheppard nyomozó egy Lidérc utáni hajtóvadászatba kezd Las Vegasban.

5x20 Enemy at the gate

A sorozat 100. epizódja, amely évadzáró lévén komoly hangvételû és látványos lesz, ellentétben az SG-1 100. és 200. részeivel, amelyek a humorra mentek rá.