3x01 No Man's Land

Sheppard egyed�l pr�b�lja a F�ld fel� tart� lid�rc kapt�rokat meg�ll�tani, k�sõbb a Daedalus �s az Orion siet seg�ts�g�re. Ezalatt Dr. Weirnek a F�ld�n kell felelõss�get v�llalnia Atlantisz vezet�se sor�n hozott d�nt�sei�rt.

3x02 Misbegotten

Az atlantiszi csapatnak el kell d�ntenie, hogy mit kezdjenek az emberr� �talak�tott lid�rcekkel. Dr. Weir-t Woolsey k�s�ri vissza Atlantiszra, aki az IOA-nek k�sz�t riportot a v�rosban hozott d�nt�sekrõl.

3x03 Irresistible

A v�ros �let�t felforgatja egy Lucius Luvin nevû f�rfi, akit csod�lnak az emberei �s hamarosan az eg�sz exped�ci�t megbolond�tja.

3x04 Sateda

A csapat egy olyan vil�gra l�togat, amely a Dex hossz� menek�l�se miatt a lid�rcek �ldozat�v� v�lt.

3x05 Progeny

A hihetetlen technol�giai szinten �ll� Asura fajr�l kider�l, hogy hajdan�n Atlantisz lak�i voltak �s egy�ltal�n nem b�k�ben v�ltak el az Õs�ktõl.

3x06 The Real World

Dr. Weir egy s�lyos vesztes�g okozta sokk ut�n egy Washington melletti szanat�riumban �bred, ahol �jra kell gondolnia az elm�lt k�t �v�t.

3x07 Common Ground

Sheppard fogs�gba esik �s egy Genii vezetõ cell�j�ban tal�lja mag�t, ahol megismerkedik egy kapt�rj�t�l elszakadt k�l�nleges lid�rc katon�val.

3x08 McKay And Mrs. Miller

Egy �j tudom�nyos felfedez�s rem�ny�ben Samantha Carter alezredes Atlantiszra viszi Dr. McKay h�g�t, aki �vekkel ezelõtt feladta tudom�nyos karrierj�t, hogy csal�dot alap�thasson.

3x09 Phantoms

Sheppard �s t�rsai egy m�sik Atlantisz csapat megment�s�re indulnak, de emiatt õk is csapd�ba esnek. Nem sokkal ezut�n lid�rcek t�madnak r�juk, akiknek a technol�gi�ja egyre nagyobb hat�st gyakorol Sheppard�k viselked�s�re.

3x10 The Return I.

Az �j McKay-Carter Intergalaktikus Kapuh�d kipr�b�l�sa k�zben a Daedalus felveszi a kapcsolatot egy Õs ûrhaj�val k�t galaxis k�z�tt, amelynek leg�nys�ge �jb�l birtokba veszi a v�rost �s ez�rt az exped�ci� tagjainak vissza kell t�rnie a F�ldre.

3x11 The Return II.

A parancs ellen�re Sheppard�k visszamennek Atlantiszra, hogy az ott ragadt O'Neillt �s Woolseyt kimenek�thess�k.

3x12 Echoes

Sokan szellemszerû alakokat kezdenek el l�tni, mik�zben n�h�ny b�lna megjelenik Atlantisz mellett. B�r a kapcsolat hom�lyos, a b�ln�kat tanulm�nyozva McKay r�j�n, hogy egy sz�rnyû katasztr�fa van k�sz�lõben.

3x13 Irresponsible

Sheppard�k �jra tal�lkoznak Lucius Luvinnal, aki egy õsi technol�gi�t felhaszn�lva megment egy falut, amelynek lakoss�ga ez�rt hõsk�nt kezdi el �nnepelni. A h�rek eljutnak Acastus Koly�hoz is, aki elhat�rozza, hogy v�gleg lesz�mol az alezredessel.

3x14 Tao Of Rodney

McKay egy Õs szerkezet hat�sa al� ker�l, ami az �let�t vesz�lyezteti, ha nem tanul meg felemelkedni.

3x15 The Game

A csapat r�d�bben, hogy egy atlantiszi sz�m�t�g�pes j�t�kban szereplõ k�t civizil�ci� a val�s�gban is l�tezik �s nekik k�sz�nhetõen h�bor�ra k�sz�lnek egym�s ellen.

3x16 The Ark

Egy idegen civiliz�ci� m�dos�tott lid�rc eszk�zben v�szelte �t az elm�lt �vsz�zadokat, de a holdjukba rejtett ûrb�zisuk a pusztul�s sz�l�re ker�l az atlantiszi felder�tõk meg�rkez�se ut�n.

3x17 Sunday

Dr. Weir �ltal�nos pihenõnapot rendel el az exped�ci� tagjainak, de minden hamarosan r�m�lomm� v�ltozik, amikor a v�rosban v�ratlanul felrobban egy bomba. Az epiz�d egy f�jdalmas meglepet�st tartogat...

3x18 Submersion

Az exped�ci� egy Õs �p�letre bukkan az Atlantiszt k�r�lvevõ �ce�n m�ly�n.

3x19 Vengeance

Sheppard csapat�nak ki kell der�tenie, hogy mi t�rt�nt a Taranis bolyg� lakoss�g�val, akikkel nemr�g megszakadt a kapcsolatuk. A helyzet�k bonyol�dik, mikor egy f�ld alatti b�zist tal�lnak, ahol egy r�gi ellens�g�k sz�v�geti terveit.

3x20 First Strike

Abe Ellis ezredes, az Apollo nevû �j f�ldi csatahaj� kapit�nya azt a parancsot kapja, hogy vez�nyeljen le egy t�mad�st az emberform�j� replik�torok ellen, akik a bolyg�jukon ûrhaj�kat kezdtek el �p�teni, hogy elpuszt�ts�k Atlantiszt �s a F�ldet.